浮针疗法一般不会有危害，少数情况下会出现局部毛囊炎、针灸部位感染或者小血管损伤等副作用。
浮针疗法的施针部位位于皮下的浅筋膜层，比传统的针灸深度还要浅，几乎不会有危害。但如果在进行浮针疗法之前并没有进行彻底的消毒，可能会造成局部毛囊感染，引起毛囊炎，出现局部红肿、疼痛等症状。一般不是很严重，可在短时间内好转。该疗法需要在皮肤表面扎针，因此局部会有针眼，短时间内不能洗澡，还要避免大量出汗，否则会使针眼被感染，引起局部发红和疼痛等症状。
在进行浮针操作时，如果操作不当，可能会碰到小血管，造成小血管损伤，这样便会引起皮下出血。不过出血量不是很多，用手按压便能达到止血的目的，后期会出现皮肤淤紫的现象，不过会自行吸收。一般不会损伤到大血管，因为浮针疗法是在皮肤的浅层，而皮下大血管十分少见。
