小阴茎根据病变范围、诱因不同，可分为：低促性腺激素性性腺功能减退症、高促性腺激素性性腺功能减退症、雄激素抵抗综合征、特发性小阴茎。
1、低促性腺激素性性腺功能减退症
病变范围主要位于下丘脑、脑垂体，主要是由于先天性促性腺释放激素分子结构异常、缺乏、神经元缺陷或精神刺激、剧烈运动时间过长引起的后天性促性腺激素缺乏等原因所致。
2、高促性腺激素性性腺功能减退症
病变部位位于睾丸内。主要是由于睾丸发育不良、损伤所致，常伴有垂体FSH、LH水平升高。
3、雄激素抵抗综合征
主要原因为：原酶缺乏、雄激素受体异常，病变部位较广泛。
4、特发性小阴茎
发病原因不明确，一般认为与下丘脑、垂体、睾丸结构功能以及异常有关。主要发病于儿童人群，青春期后发育基本正常。
