导致婴儿肝炎综合征的病因除了巨细胞病毒，还有肺炎链球菌、大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌等，围新期弓形体感染引起的先天性弓形虫病亦为数不小，以及先天性遗传性代谢性疾病如半乳糖血症、酪氨酸血症等均为婴儿肝炎综合征的病因，但仍有部分婴儿肝炎综合征的病因在短期内难以明确。
弓形虫感染导致婴儿肝炎综合征
在婴儿肝炎综合征的病因中弓形虫感染报道亦为数不少。弓形虫是人畜共患的寄生虫病，自然界中普遍存在，哺乳类和鸟类动物是弓形虫的宿主，其中以猫及猫类动物是重要的传染原。可经口感染，人感染后急性期在尿、粪、唾液、痰内含有滋养体，但因其抵抗力弱引起传播的机会少。但孕妇初次感染弓形虫可经胎盘传播给胎儿而引起先天性感染，造成全身多组织器官的病变，主要侵犯有淋巴结、脑、心、眼、肝、脾、骨骼肌等。
各种细菌感染引起的婴儿肝炎综合征
各种细菌感染引起的婴儿肝炎综合征均因败血症过程引起中毒性肝炎或肝内感染，严重者可引起肝功能衰竭而死亡。
