绝大多数中晚期的肝癌患者都会出现肝区疼痛的症状，其发生率超过50%，主要是由于癌肿迅速增大，从而压迫或侵犯肝脏包膜，而肝脏包膜有着丰富的神经末梢，因此而使人感到疼痛。
中晚期肝癌患者的肝区疼痛一般位于右肋部或剑突下，疼痛性质则多以持续性隐痛、钝痛或刺痛为主。但也有少部分患者的疼痛可出现特殊的表现而导致误诊。例如部分患者的疼痛区域位于中上腹，多为多为左叶肝癌所致，但有时会被误诊为胃病而贻误治疗；也有患者可表现为右肩疼痛，临床上多见于右叶靠近膈肌的肿瘤，因其累及膈肌而引起右肩的牵涉痛，此时易被误诊为肩周炎。
还有少数患者可表现为突发的肝区剧烈疼痛，这种情况多由位于肝脏表面的癌结节破裂出血所致，如果患者同时伴有头晕、眼花、心慌、血压下降表现，大多预示着癌结节破裂并发严重的内出血，如遇到这种情况应及时进行紧急抢救。
此外，如肝癌患者发生腹腔淋巴结转移或脊椎转移时，则可表现为腰背疼，而转移到其他骨骼则可表现为相应部位的疼痛，转移到颅内者可表现为头疼及恶心等。
