房间隔缺损发生的原因，首先有可能是遗传因素诱发的，尤其是染色体易位以及畸形三体综合症等等；其次，有可能跟环境因素有很大的关系，比如宫内感染、宫内缺氧以及药物感染等；最后，还有可能跟其他因素，比如男女之间的差别。
现实生活之中，由于很多原因的出现，导致了一些孩子出现了房间隔缺损这种不良症状，继而给孩子的健康带来了很大的伤害，也给家长带来了严重的精神困扰。那么，房间隔缺损这种不良症状的出现，究竟是什么原因？
1、原发孔型房间隔缺损
这又称部分心内膜垫缺损或房室管畸形，在胚胎发育过程中心内膜垫发育缺陷所诱发的，形成一个半月形的大型房间隔缺损位，在冠状静脉窦的前下方缺损下缘邻近二尖瓣环常伴有二尖瓣裂。
2、继发孔型房间隔缺损
由于正常左右心房之间存在着压力阶差左房的氧合血经缺损分流至右房体循环血流量减少，可引起患儿发育迟缓，体力活动受到一定限制，部分患者亦可无明显症状，氧合血进入肺循环后，可引起肺小血管内膜增生，及中层肥厚等病变，导致肺动脉压及肺血管阻力升高，但其进程较缓慢多出现在成人患者。
3、遗传因素
约15%与遗传有关，特别是染色体易位与畸变三体综合征；多数的先天性心脏病是由多个基因与环境因素相互作用所形成。
4、环境因素
一些环境因素，比如宫内感染以及放射线接触，此外，还有代谢紊乱性疾病也是一个因素。此外，宫内缺氧以及药物感染也是一种诱因。妊娠前三个月患病毒或细菌感染，尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒，其出生的婴儿先天性心脏病的发病率较高。
5、其他因素
有些先天性心脏病患者在高原地区发生的几率高一些，有些先天性心脏病患者男女性别间发病差异明显，这种情况足以说明，患者出生地的海拔高度以及性别这些因素都跟房间隔缺损有很大的关系。而在众多先天性心脏病患者中，开查到病因的仅仅只是极少数。
