喉咙交替性疼痛可能因患有慢性咽炎、扁桃体炎症引起，根据炎症类型可给予相应药物治疗，如碘含片、西瓜霜含片、阿莫西林、头孢克洛等。
属于咽部粘膜、粘膜下及淋巴组织的慢性炎症，当炎症不停刺激咽喉粘膜后，可造成咽喉部反复性疼痛，并出现咽喉部交替性疼痛、反复咽喉异物感、刺激性咳嗽等症状。
治疗上首先需改善不良日常习惯，如戒除研究、避免长期接触粉尘、有害气体等，其次需在专业医生指导下，应用复方硼砂溶液清洗口腔、口咽，或含服西瓜霜含片、碘含片药物治疗。
是由致病微生物引起的感染性疾病，当细菌感染至双侧扁桃体，可出现双侧扁桃体红肿、交替性疼痛，且疼痛较为剧烈，或伴随发烧等症状。一般对于感染性扁桃体炎症，最好接受抗生素治疗，临床常用抗生素包括阿莫西林、头孢克洛、泼尼松片等。
