早上起来脚后跟筋疼的原因可能是类风湿关节炎或跟腱炎，应根据具体原因选择治疗方式。
类风湿关节炎主要表现为远端关节酸痛，多数伴有晨僵，因此早上起来脚后跟筋疼可能与类风湿关节炎有关。一般起床活动后疼痛可缓解，受凉刺激后症状加重。类风湿关节炎治疗的主要目的在于减轻炎症反应，抑制病变发展，尽可能的保护关节和肌肉的功能，最终达到病情完全缓解或降低疾病活动度的目标。常用药物有抗风湿药、糖皮质激素和非甾体抗炎药，如来氟米特、羟氯喹、塞来昔布等。
跟腱是连接小腿后方肌群与跟骨的带状肌腱纤维，张力通过肌肉收缩传递到跟腱。跟腱炎一般指跟腱急慢性劳损后形成的无菌性炎症。其主要症状是足跟部上方的、内部的疼痛、僵硬、酸痛、压痛，并在活动后加剧，痛感通常会在清晨或者剧烈运动后的休息期间发作，因此早上起来脚后跟筋疼可能是跟腱炎导致。应减少跟腱活动，注意休息，防止损伤加重；可使用超声、微电流神经刺激、针灸等物理治疗的方式进行缓解；药物治疗主要服用非甾体抗炎药，如布洛芬、双氯芬酸钠、萘普生等。
