注射乙肝疫苗是预防乙型病毒性肝炎的重要途径，检测方法不精确、免疫反应太弱、乙型肝炎病毒亚型罕见、乙型肝炎病毒发生变异、免疫功能低下及免疫缺陷、已发生隐匿性感染这6大原因会造成乙肝疫苗无效。
1.检测方法不精确：已经产生抗体的患者因检测方法不先进或不灵敏会得出假阴性结果，使乙肝疫苗看起来无效。应当用较灵敏的方法，如酶联免疫法或放射免疫法来重新检测。
2.免疫反应太弱：机体对疫苗的免疫反应太弱，只产生微量的抗体，用先进的检测方法仍未能发现表面抗体的踪迹。
3.乙型肝炎病毒亚型罕见：乙肝疫苗是针对主要的病毒亚型而设，如病毒亚型较为罕见，乙肝疫苗难以起到保护作用。
4.乙型肝炎病毒发生变异：乙型肝炎病毒容易发生变异，变异后的病毒生物特性发生变化，可使乙肝疫苗无法发挥作用。
5.免疫功能低下及免疫缺陷：晚期肾病、器官移植后、艾滋病感染者等免疫功能低下、免疫缺陷的患者注射乙肝疫苗后不易产生抗体。
6.已发生隐匿性感染：乙型肝炎病毒携带者体内有大量的乙型肝炎病毒的表面抗原，注射乙肝疫苗后不会产生表面抗体。
