骨折微创手术的缺点，包括难以达到解剖复位、易出现并发症、手术费用高等。
骨折微创手术无法在直视状态下进行复位，因此很难使骨折端达到解剖复位。若发生开放粉碎性骨折，骨折移位较为明显，不仅难以达到解剖复位，甚至连功能复位都存在问题。此时骨折对位对线不好，会影响正常愈合，出现延迟愈合、不愈合或畸形愈合等现象。
骨折微创手术造成的创伤较小，血供破坏较少，恢复速度较快。但部分骨折块，尤其是粉碎性骨折块无法完全复位，可造成骨折游离。若骨质间隙较宽较大，愈合时间会明显加长，甚至会因骨折部位感染，引起慢性骨髓炎。骨折端也会出现骨痂明显生长的现象，导致骨折部位明显肿大，并伴有局部结节形成。
骨折微创手术需应用各种大型设备，包括C型臂、X线透视机、骨科专用器械等，成本较高，所以手术的费用会相应增加。
