母乳性腹泻可以通过腹泻特点来诊断，这种腹泻比较频繁，大便味道较重。
母乳性腹泻具有明显的特点，这种腹泻一般每天大便3-7次，大便呈泡沫稀水样，气味有特殊的酸臭味，便稀微绿，有泡沫和奶瓣，有时甚至还带有条状的透明粘液。腹泻时没有发热，婴儿没有明显的痛苦与哭闹，大便化验没有感染方面的异常，腹泻程度一般没有其他症状，婴儿精神活泼，食欲良好，虽腹泻病程较长，但体重增长每10天在300左右，迁延不愈。如果腹泻时间长则有可能导致生长停滞、营养不良等严重后果，需要及时治疗。
母乳喂养引起腹泻，可能是母乳中的前列腺素含量较高，该物质促进小肠平滑肌运动，增加水和电解质的分泌而产生稀便。也可能是小儿对乳糖不耐受，体内缺乏乳糖酶。乳糖不耐受分原发性和继发性两类，可用醋酸铅法测定患儿粪便中乳糖量以初筛，再用去乳糖饮食后迅速见效来证实。出现所谓生理性母乳性腹泻时不要为了大便成形而改喂牛奶。婴儿机体会逐渐适应母乳中的前列腺素，乳糖酶亦会逐渐发育成熟，酶活性增加，就能分解、消化和吸收乳糖，并随着增加辅食逐渐好转。
