约半数以上的再生障碍性贫血患者无明确病因可寻，称为原发性再障。以下所述为继发性再障的可能病因。
(1)化学因素：包括药物和化学物质，如氯霉素类抗生素、磺胺类药物、抗肿瘤化疗药物、杀虫剂以及苯等。其中高度相关的有苯及其衍生物和各种抗肿瘤药物。国内以往氯（合）霉素所致再障的报道较多，近年随着该类抗生素应用的减少，其在再障发病中的意义已不突出。相反，接触苯及其相关制剂引起的再障仍屡有发生，应予重视。化学物质引发的骨髓增生不良有的与剂量有关，有的与个体敏感性相关。如抗肿瘤药物与苯对骨髓的抑制与剂量有关，氯霉素类抗生素、磺胺类药物及杀虫剂引起的再障与剂量关系不大，但与个人敏感性有关。
(2)物理因素：X线、镭及放射性核素等可影响DNA的复制，抑制细胞有丝分裂，干扰骨髓细胞生成，使造血干细胞数量减少。骨髓是放射敏感组织，其抑制程度与放射呈剂量依赖性效应。
(3)生物因素：流行病学调查和研究表明，再障发病可能与多种病毒感染有关，其中以病毒性肝炎为主。肝炎相关性再障多继发于乙型或丙型肝炎，机制可能与病毒抑制造血细胞或免疫因素有关。患者多为男性青年患者，在恢复期发病，预后较差。其他可疑相关病毒尚有EB病毒、微小病毒及HIV病毒等。
