肛周脓肿需要应用抗生素类药物治疗，还可以通过抽脓减压以及排脓的方式来缓解症状，瘘管形成后需行根治性手术治疗。
肛周脓肿是一种急性化脓性感染，多半都是革兰阴性杆菌感染，可以选择针对这一类细菌有效的抗生素，如左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等。如果服抗生素治疗的效果不好，则需要静脉输注抗生素，避免感染进一步加重。
发生肛周脓肿后，局部肿胀现象比较明显，且有较多的脓液，需要对局部进行消毒，并且用一次性无菌注射器刺入脓腔，抽取脓液。这种方法有助于减轻脓腔张力，缓解疼痛，如果症状严重，则需要在局部麻醉状态下进行切开排脓，术后需要对脓腔进行冲洗，并且放置油纱条引流，使农业尽快排出，迅速减轻症状。三个月左右瘘管形成，内口明确，可以行根治性手术。低位脓肿直接切开即可，如果是马蹄脓肿，需要行切开加旷置术，高位脓肿则要行挂线术或者等压引流术。
