为找寻和验证哪些中药对此次新冠疫情防控有效，钟南山院士团队对四十余种中成药和中药方剂进行筛选，这些研究（包括病毒抑制试验）为临床试验研究的开展奠定了重要理论基础。在药物筛选过程中，研究者证实了连花清瘟胶囊等中药对2019-nCoV感染引起的细胞病变具有良好的抑制作用，具有抑制新型冠状病毒活性，减少病毒含量的作用，并能显著抑制炎症因子过度表达。此研究发表在药理学界主流杂志Pharmacologicalresearch上。基于这一发现，钟南山院士联合张伯礼院士、李兰娟院士等中西医临床专家，启动了连花清瘟治疗新型冠状病毒肺炎的前瞻性、随机、对照、全国多中心临床试验。该研究在全国定点收治新冠肺炎的20余家医院展开，考虑到疫情防控的紧迫性，无法进行双盲；专家组讨论后决定采用在有限条件下的最客观随机平行对照试验设计。
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按照研究方案，入选患者随机分为治疗组和对照组（常规治疗组），参照《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第四版）》，共收集了符合研究方案的284例病例。试验数据经过专业第三方统计分析，结果显示：经过连花清瘟治疗组治疗14天后，主要临床症状（发热、乏力、咳嗽）治愈率较对照组显著提高，在治疗第7天达57.7%，治疗第10天达80.3%，治疗第14天更是达到了91.5%。发热、乏力、咳嗽单项症状持续的时间也明显缩短，连花清瘟治疗还能够明显提高肺部CT影像学异常的改善率，提高总体临床治愈率。从降低转重型患者的比例方面分析，连花清瘟胶囊治疗组与对照组明显更低（连花清瘟治疗组：2.1%，对照组：4.2%）。然而在本临床试验中，连花清瘟胶囊在提高新冠肺炎核酸转阴率和缩短转阴时间方面与对照组（常规治疗组）对比虽然显示出一定的优势，但差异尚未达到统计学意义。上述系列发现表明，在常规治疗基础上联合应用连花清瘟胶囊口服14天可显著提高新冠肺炎发热、乏力、咳嗽等临床症状的改善率，明显改善肺部影像学病变，缩短症状的持续时间，提高临床治愈率，遏制新冠病情恶化，而且安全性较高。
