中医认为尖锐湿疣的发生与肾、肝、督三经关系密切。脏腑气血功能失调、肝郁血燥等有关，通过辨证论治，将尖锐湿疣分为以下三种类型。
1.风热相搏、毒热蕴结型
阴部可见散在或集簇增多的疣体，疣体逐渐增大，呈菜花或鸡冠状，表面污灰，患处溃烂积脓，有恶臭味，自觉疼痛或瘙痒，小便黄，大便干结，口干，舌质红，苔黄，脉数。可使用方用普济消毒饮加减治疗。
2.肝火内蕴、湿热下注型
阴部可见乳头样或多种多样的软性增生疣体，色微红或暗红，或灰污，表面湿润，凸凹不平，乳头间隙肉腐，易出血、糜烂、渗脓液，有臭味，女性白带增多。伴有口苦、咽干、心烦失眠，小便黄，大便不爽，舌质红，苔黄腻，脉弦数。治宜泻肝胆实火，清下焦湿热，以祛毒腐。可使用龙胆泻肝汤加减治疗。
3血虚风燥、气血凝聚成毒型
疣体发生于男女生殖器上，呈乳头状突起，但不甚明显，形状各异，日久可有瘙痒，并伴有面色不华，倦怠无力，多梦，舌质淡暗，脉涩而细数。治宜养血润燥，化瘀散结解毒。可使用桃红四物汤加减治疗。
