四神丸和肉蔻四神丸区别，主要包括成分不同、功效不同及适应症不同等。具体如下：
四神丸的主要成分包括煨肉豆蔻、盐炒补骨脂、醋炙五味子、去核大枣及制吴茱萸等。成品颜色为浅褐色至褐色的水丸，闻着有微香，吃起来略微发苦。肉蔻四神丸的主要成分包括盐水制补骨脂、面粉煨肉豆蔻、罂粟壳、木香、诃子肉、干姜、麸炒白术、甘草水制吴茱萸、白芍等。成品为棕褐色水丸，有微香的气味，味苦而辛。
四神丸与肉蔻四神丸在成分上有相似之处，但这两者的功效并不完全相同。四神丸的主要功效是温肾散寒和涩肠止泻；肉蔻四神丸的主要功效是温中散寒及补脾止泻。
四神丸主要针对的是肾阳不足所致的泄泻，能缓解肠鸣腹胀、五更溏泻、久泻不止、面黄肢冷等症。肉蔻四神丸可用于改善大便失调、黎明泄泻及肠泻腹痛、食欲不振、腰酸腿软、面黄体瘦等症。两者虽然都能治疗泻泄，四神丸针对的是肾虚导致的泻泄，肉蔻四神丸针对的则是脾胃失调导致的泻泄。
