即使是对儿童和成人都非常安全的药物，对新生儿也有严重的反应。原因是什么？新生儿肝脏中的许多酶系统尚未建立，因此其解毒功能并不完善。例如，葡萄糖醛酸转移酶分泌量小，活力低，许多药物不能与之结合，在体内游离，导致积累中毒。比如氯霉素半衰期，成年人4小时，新生儿25小时，当剂量超过每天时loo毫克/公斤体重时，其死亡率可为对照组的8倍。2-9天后，婴儿开始恶心、呕吐、进食困难和腹部膨胀，然后体温过低，肌肉松弛，呼吸困难。面部血管因缺氧而呈灰白色，称为"灰婴综合征"。所以新生儿最好不要使用氯霉素。必要时，应严格掌握每天20125毫克/公斤的体重。
新生儿肾脏也处于发育阶段，肾小球的过滤率仅为成人的30-40%。例如，主要从肾脏排出的四环素的半衰期从正常的8小时延长到108小时，这很容易在血液中积累并引起中毒。因此，应减少用药剂量，并延长间隔。同样，使用庆大霉素时，每天每公斤体重3-5毫克，肌肉注射只需24小时。
新生儿血脑屏障渗透性强，但一般胆红素与血清白蛋白结合后，不易进入脑组织产生毒性作用。服用某些药物后，胆红素-游离胆红素可能会通过血脑屏障损伤脑组织，因为它们可以与胆红素竞争白蛋白并与之结合，从而导致危害儿童生命的核黄疽。这些药物包括稳定性、儿童安全、抗炎疼痛、新生霉素、磺胺异恶唑、苯甲酸钠咖啡因和水溶性维生素K，一般不适合新生儿使用。
需要指出的是，新生儿血红蛋白还原酶活性低，容易氧化血红蛋白。如果使用磺胺药和氯丙嗪，可能会导致高铁血红蛋白血症、青紫等症状。
此外，新生儿皮肤和粘膜又薄又嫩，血管丰富，对外用药吸收量大，有时会引起严重反应，甚至全身中毒。例如，上述情况有时发生在硼酸软膏、可松软膏和1%硫酸阿托品滴眼液中。
还有一些民间习俗，也值得注意。比如新生儿出生一两天，有人给他喂黄连甘草水，据说可以解决"胎毒"。事实上，黄连与甘草合用，会失去抗菌作用，只需使用黄连服1-2次即可。有些女人把珍珠撒在乳头上，认为吮吸后会使乳头强壮。但要知道这种药含有朱砂等成分，对人体器官的功能极为有害。其他人认为，让婴儿多吃六神丸不会产生痱子和疥疮。然而，它含有蟾蜍酥等有毒药物。如果超过剂量，会引起恶心、呕吐、心跳过缓等症状。严重者会因心室间传导阻滞、惊厥和循环衰竭而死亡，因此不得滥用。
