子宫内膜异位症的治疗可以通过药物进行治疗，因为患有子宫内膜异位症后，异常的子宫内膜会对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗已成为本病的重要治疗方法。性激素治疗主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。但是激素治疗虽然能缓解症状，但是产生的副反应是不容忽视的，如食欲减退、恶心、肝功能不正常等。
除了进行药物治疗，子宫内膜异位症的治疗还可以通过手术手段，一般医生对子宫内膜异位症不太严重的患者首先会考虑药物治疗，但是没有什么效果后就要进行手术治疗，手术可分为保守性、根治性和半保守性3种，具体要采用哪一种治疗方法，这还的根据患者病情及患者的要求来选择，子宫内膜异位症容易复发，所以选择治疗方法时一定要权衡所有的利弊关系，注意做好子宫内膜异位症诊断。
