卵巢巧克力囊肿出现之后就要及时的进行治疗，尤其是对于这种疾病的病理和生理表现有一定的了解还是非常重要的。
卵巢巧克力囊肿也称为卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的常见原因，类别与肿瘤性质的卵巢囊肿基本上不同。在子宫内膜“进入卵巢后，它仍然受到卵巢性激素的周期性影响。当月经来潮时，“卵巢内异位内膜也会发生“月经”样出血，“经血”不能排出体外，只好留在卵巢内。“月经血”中的异位子宫内膜就像种子，继续种植在卵巢中。这是一个循环周而复始的循环，因为囊肿血液是一种长期保留的旧血液，巧克力糊状的外观，故又称为“卵巢巧克力囊肿”。
卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿的血容量增加，囊肿的体积增加。当囊内血液过多，压力过高时，可以穿破囊肿的薄弱部位，发生囊肿自发破裂。囊肿的血液流动部分是血腥的。压力降低后，囊壁往往会自行愈合。经过一段时间后，囊内出血再次增加，并且当压力再次增加时，可能发生自发性破裂。囊肿破裂后，它会流入盆腔血液中，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可导致盆腔器官粘连。卵巢巧克力囊肿可以自发破裂而不会瘀伤，而残酷或激烈的性生活，尤其是经前性生活常常是囊肿破裂的常见原因。
较小的卵巢巧克力囊肿通常不容易破裂。卵巢巧克力囊肿药物治疗效果差，难以消除巧克力囊肿。当囊肿长到超过3厘米时，自发破裂的风险开始出现并逐渐增加。它增长到一定的大小，自发的破裂往往难以避免。
